Dominanta dnešního Mírového náměstí v Mladé Boleslavi – kostel sv. Jana Nepomuckého - byl vystavěn v pol. 14. stol. za branami města na předměstí, na území pozdějšího Nového Města. Jeho původní zasvěcení bylo k sv. Janu Křtiteli, patronu johanitů, a byl obklopen hřbitovem. Duchovní správu zde vykonávali johanité, kteří zde měli i svou komendu a to až do husitských válek. Roku 1421 zde johanitská komenda zaniká, kostel se stal filiálním a sloužil jen pro utrakvisty podobně jako většina kostelů v okolí. Až r. 1590 sem uvedl Bohuslav Hasištejnský z Lobkovic luteránského kněze a kolem kostela se začala vytvářet německá kolonie. To trvalo do roku 1623, kdy byli luteránští kněží z města vypověděni. Kostel pak několikrát vyhořel a dočkal se mnoha úprav.

Roku 1727 byl kostel zbarokizován a přestavěn do nynější podoby, ovšem s novým hlavním oltářem a oltářním obrazem sv. Jana Křtitele „Sv. Jan křtí Krista v Jordáně“. Ke konci 18. stol. se využíval jen k vojenským bohoslužbám, značně zchátral a bohoslužby zde byly zrušeny definitivně. Od roku 1812 sloužil jako skladiště k městské potřebě. Oltář sv. Jana Křtitele byl přenesen do kostela sv. Havla a ostatní inventář byl rozprodán.

Díky štědrosti boleslavských katolíků byl kostel r. 1816 obnoven a zasvěcen sv. Janu Nepomuckému. Byl pak jakousi oázou pro české obyvatele. V té době bylo totiž ve městě vše německé. ( Jediný český verš se objevil na bráně Havelského hřbitova: „Zde jsme, ó Pane, čekajíce hlasu Tvého.“) Oltář, kazatelna a ostatní vybavení kostela bylo získáno ze zrušeného klášterního kostela v Lysé nad Labem a postupně bylo několikrát renovováno. Ke slavnostnímu vysvěcení kostela došlo 16. května 1816 o svátku jeho titulárního patrona.

Oltářní obraz „Korunování sv. Jana Nepomuckého Pannou Marií“ pochází z roku 1740 a je dílem znamenitého barokního malíře Václava Vavřince Reinera (1869-1743). V jeho pravé polovině se nachází symbol umučení (kříž s tělem Krista). Před ním stojí sv. Jan Nepomucký v bílé rochetě a s kanovnickou pokrývkou přes ramena. Světec hledí k nebesům na P. Marii s Dítětem a s anděly, z nichž mu jeden přináší dolů korunu s pěti svatojánskými hvězdami. Další anděl mu v levém dolním rohu přináší model nového kostela a augustiniánského kláštera v Lysé nad Labem. V pozadí nad nimi je též zachycen Šporkův zámek jako projev vděčnosti k mecenášovi. Obraz patří mezi nejcennější skvosty našeho města.

Sochařská výzdoba má vztah k původnímu zasvěcení kostela sv. Jana Křtitele a pochází z poloviny 18. st. Velká socha vlevo představuje archanděla Gabriela, vpravo archanděla Michaela. Menší socha na oltáři vlevo je praotec Mojžíš s deskami Desatera. Na opačné straně je znázorněn velekněz Áron. (Bohužel náprsník a kadidelnice v rukou Árona i Mojžíšova hůl byly při poslední opravě ztraceny.) Další uměleckou výzdobu tvoří čtyři pozlacené reliéfy. Nad levou brankou píše sv. Matouš první knihu Nového Zákona (evangelium), zatímco na protější straně sv. evangelista Jan píše poslední knihu N. Zákona – Apokalypsu. Třetí reliéf umístěný dole uprostřed čelní strany oltářní tumby zachycuje starozákonní oběť Abrahámovu. Poslední reliéf tvoří dvířka svatostánku s výjevem Poslední večeře Páně.

Na levé straně kněžiště stojí na sloupu kazatelna. Na její stříšce vidíme zemskou polokouli s kameny a dvěma deskami Desatera. Karyatidy andělů na stěnách řečniště kazatelny připomínají serafy z vidění proroka Izaiáše. Rovněž i různá ztvárnění andělů, vázy s dekorační alegorií víry a naděje a další ozdoby na oltáři nás mají uvádět do nebeského Jeruzaléma.

Po pravé straně lodi kostela je umístěn velký kříž s tělem Krista, vlevo dojímavé sousoší Piety (tyrolského typu) znázorňující Pannu Marii s Kristovým tělem na klíně po sejmutí z kříže. Samostatný oltářní stůl pochází z jednoho bočního oltáře. Všechny tyto tři památky pocházejí ze zrušeného klášterního kostela sv. Bonaventury. Náhrobní deska na pravé boční stěně kostela připomíná dobu někdejšího vojenského kostela.

Varhany – E. Š. Petr, op. 37 z r. 1887. Manuál: Principál 8´, Kryt 8´, Gamba 8´, Salicionál 8´, Oktáva 4´, Flétna 4´, Mixtura 2⅔´ ?x; pedál: Subbas 16´, Oktávbas 8´; spojky: I/ P 8´; několik pevných kombinací.

Na věži se zachovaly dva zvony, a to: Panna Maria - hmotnost 300 kg a pochází z 2. pol. 14. st.; sv. Vít - 200 kg z roku 1665 (pův. pro kostel sv. Víta).

Rozsáhlou renovaci a částečnou přestavbu prodělal kostel sv. Jana v letech 1902-4, kdy došlo ke zbourání předsíně, která zůstala vyznačena v dlažbě chodníku před hlavním vchodem. Byl zbourán též portál bývalého hřbitova vedle věže. Další úpravou prošel kostel v 60. letech min. st. za éry arch. O. Döberta, kdy bylo upraveno okolí s vodní plochou, aby se v ní zrcadlila architektura kostela. Nepodařilo se však oprostit kostel od nevyhovujících přístaveb činžovního a obchodního domu, postavených na místě někdejšího hřbitova. (Naopak v 90. letech byla vodní plocha zrušena, aby se v ní nemohly koupat romské děti a nedošlo k neštěstí.) V druhé polovině 80. let byl kostel uzavřen z havarijních a dalších důvodů. Opravy byly zahájeny v letech 1988-1992, pak přerušeny a pokračovalo se až od r. 1995 celkovou generální rekonstrukcí. Ta zahrnovala výměnu krytiny, odvlhčení a zpevnění statiky, výměnu oken, novou elektroinstalaci a zavedení plynového vytápění pod keramickou podlahou. Byla pořízena nová fasáda včetně barokního portálu a pomocí autojeřábu byla sejmuta a oplechována báň věže. Opravou prošly věžní hodiny, varhany, oltář i lavice. Z levého postranního vchodu byla zřízena zpovědnice, pravý slouží jako příležitostná kaple: Betlém, Boží hrob, májové pobožnosti. V předsíni pod věží je též uzavřené WC.

Venkovní sochy sv. Josefa a sv. Jana Nepomuckého nárožích kostela byly rovněž restaurovány při poslední opravě. U hlavního vchodu však zbyl již jen podstavec. (Socha byla zničena v 60. letech min. st.)

Slavnostní znovuvysvěcení kostela provedl litoměřický biskup Mons. Josef Koukl v neděli 25. srpna 2002. Kromě pravidelných bohoslužeb se zde slouží též mše sv. pro polské občany, řeckokatolíky a od prosince 2007 také pro vietnamskou komunitu v našem městě. Kostel je využíván též pro společenství mládeže, mateřské centrum, duchovní obnovu či pořádání duchovních koncertů.