五妃廟殿前的對聯「王盡丹心妃盡節、地留青塚史留芳」，加上內殿高懸的「貞靈咸著」匾額，訴說著五妃廟的故事與義節。明永曆37年間，清大軍破澎湖，鄭克塽投降，寧靖王朱術桂決心殉國，其五位姬妾表達了守節從死的決心，相繼自縊，寧靖王將其安葬於南門城外魁斗山後（今五妃廟址所在）為五妃墓。後人感念五妃的忠烈在墓前建廟祭拜，稱之「五妃廟」，形成前廟後墓的特殊地景。外觀為一座單進兩護龍式的建築，因其特殊歷史、文化、藝術價值，1983年即被公告為一級古蹟。