La Catedral Nueva tiene una planta con tres naves y dos más de capillas-hornacina, que se terminaron en 1520 por Juan Gil de Hontañón las de la izquierda y Juan de Álava las de la derecha. En principio se proyectó una girola para la cabecera y ábsides poligonales, pero el retraso en la obra hizo cambiar el criterio por el de una cabecera plana, decisión tomada en el año 1584 por el entonces maestro mayor Juan Ribero de Rada, siguiendo el modelo de cabecera diseñado por Juan de Herrera en la Catedral de Valladolid. En 1538 Rodrigo Gil de Hontañón se convierte en el maestro de obras de la catedral, tras la muerte de su padre Juan Gil de Hontañón. En 1588 se llama al maestro cántabro Juan de Nates para la continuación de las obras.