Par l'extérieur et l'intérieur, on peut retrouver la marque des onze siècles d'histoire de l'église, de ses remaniements et cicatrices. L'édifice est inscrit aux Monuments historiques. De nombreuses œuvres notables sont incluses :

▪le chœur du Xe siècle (préroman reconnaissable aux moellons de granit et aux petites fenêtres.)

▪les peintures murales du XIe siècle (roman)

▪les murs de la nef et la voûte du XIe siècle (roman)

▪les ouvertures de la nef (gothique)

▪la statue de sainte Anne (XIVe siècle)

▪la statue de la Vierge à l'enfant du XVe siècle, classé à titre d'objet aux Monuments historiques.

▪le porche sud et le crucifix du XVIe siècle

▪la statue de Moïse du XVIIIe siècle, classé à titre d'objet.

▪le retable des XVIIIe, XIXe et XXe siècles

▪la tour clocher du XXe siècle

▪les peintures murales : peu lisibles, elles ont été identifiées comme la représentation du cycle biblique de Caïn et Abel, thème cher à l'époque romane. L'affrontement des deux frères :

▪l'offrande par Abel au manteau rouge d'un agneau que Dieu bénit et l'offrande par Caïn au manteau jaune d'une petite gerbe, alors qu'une gerbe plus importante demeure entre ses jambes.

▪le meurtre d'Abel par Caïn avec un outil de travaux agricoles, une pelle triangulaire. Dans la scène suivante, Dieu intervient pour protéger Caïn.

L'église Saint-Jean-Baptiste de Saint-Jean-le-Thomas après avoir dépendu de l'abbaye du Mont-Saint-Michel,de l'abbaye de La Lucerne puis du doyenné de Genêts, dépend aujourd'hui de la paroisse Saint-Auguste-Chapdeleine du doyenné du Pays de Granville-Villedieu.

(Source : Wikipedia)