Il Convitto è inserito in un complesso monumentale del XV secolo, che comprende la basilica di Santa Maria Assunta e l'edificio ad impianto rinascimentale del Convitto propriamente detto (ex convento dei Francescani).

Durante la sua plurisecolare azione formativa il "Cesare Battisti" ha dato al mondo della cultura e della scienza numerosi uomini illustri.

La storia dell'Istituto affonda le sue radici nel lontano passato, in quanto la sua fondazione risale al 1626 grazie al lascito testamentario 

dei fratelli Brigenti, col quale a Lovere furono istituite non solo le scuole pubbliche, ma anche un collegio nel chiostro di Santa Maria, trasformato poi in uno dei seminari della Diocesi di Brescia.

Nel 1808 le truppe francesi occuparono Santa Maria e i locali del Seminario, mentre lottavano contro Tedeschi e Polacchi.

Nel 1821 fu concesso un sussidio dal governo austriaco di £. 5.411, che consentì una nuova sistemazione.

Il Collegio fu chiuso nel 1836, quando a Lovere si diffuse un'epidemia di colera che fece 65 vittime.

Nel 1842 l'arciduca Stefano d'Austria visitò le scuole del Collegio, mentre nel 1846 il ginnasio fu ispezionato dall'abate Fontana, direttore dei ginnasi lombardi, che rimase molto soddisfatto del grado di preparazione dimostrato dagli alunni.

Il Collegio fu chiuso di nuovo nel 1848, per alloggiare giovani volontari che lottavano per l'indipendenza dell'Italia dagli Austriaci.

Nel novembre del 1849 le scuole del Convitto furono riaperte per essere chiuse di nuovo poco dopo durante la gloriosa difesa di Brescia, quando gli Austriaci occuparono militarmente il Collegio.

Nel 1851 il Collegio e le scuole ritornarono nella loro sede e queste ultime furono potenziate con l'apertura delle scuole liceali.

Il governo austriaco impose una tassa scolastica; inoltre versava sempre più malvolentieri il contributo di £. 5.411, che fu sospeso nel 1859, quando però l'esercito franco-piemontese aveva ormai sconfitto gli austriaci a Magenta (4/6/1859), avviando così verso la meta finale il moto risorgimentale.

Nonostante l'atteggiamento ostile del governo austriaco, il Convitto ebbe un grande sviluppo e dal 1854 al 1858 raggiunse il numero di 200 convittori, oltre a 100 esterni.

Poi il Convitto fu requisito dai garibaldini (14/7/1859) per adibirlo ad ospedale militare.

Le scuole ripresero a funzionare nell'ottobre del 1859, prendendo a modello il sistema scolastico piemontese, mentre ricevevano dal governo italiano il sussidio negato dall'Austria.

Nel 1866 la direzione del Convitto fu affidata a Don Luigi Marinoni che, nel giugno del 1866, fu costretto a chiuderlo per accogliere i soldati infermi del corpo dei Cacciatori delle Alpi.

Nel novembre 1866 Convitto e scuole furono riaperti, ma poi ne fu anticipata la chiusura per una nuova epidemia di colera. Seguì un periodo di tranquillità, durante il quale aumentò il numero dei convittori.

Dal 1° ottobre 1887 il ginnasio diventò regio ginnasio con decreto di Umberto I del 24-8-1887.

Dopo alti e bassi, in seguito alle vicende storiche e ai mutamenti politici dell'Ottocento, il 2 luglio 1891 fu trasformato in Convitto Nazionale con regio decreto N. 450, senza mai cessare di svolgere la sua importante funzione nell'educazione e nella formazione dei preadolescenti e dei giovani provenienti dalle varie province della Lombardia.

Non sono pochi, infatti, i nomi di personaggi illustri che ricevettero la loro prima educazione nel "C. Battisti": mons. Bonomelli, mons. Ercoli, mons. 

Turla, mons. Avogadro, mons. Gaggia, i colonnelli Almiri e Bonalumi, il pittore Guadagnini, l'oculista Cadei, l'avvocato Tovini, i medici Tampini e Massari, beato Innocenzo da Berzo, il premio Nobel per la medicina Camillo Golgi, Alessio Amighetti, Arcangelo Tadini, don Angelo Bosio.