Река берет начало к югу от Минской возвышенности, затем течёт в извилистом русле по так называемой Неманской низине, а в нижнем течении — по Среднелитовской и Приморской низменностям. Впадает в Куршский залив Балтийского моря, образуя дельту с островами. В бассейне Немана имеется множество мелких озёр, озёрность достигает 2,5 %

Неман имеет около 180 притоков, главные из которых — Свислочь, Мяркис, Вилия (Нерис) (510 км), Нявежис, Дубиса, Юра и Миния (правые), а также Щара (325 км) и Шешупе (298 км), Зельвянка (170 км), Уша (105 км), Молчадь (98 км), Россь (длина 80 км), Сервечь (63 км), Лоша (45 км) — (левые). А также Лососянка, Городничанка — в черте г. Гродно