Da fachada primitiva da Igreja não se conhecem descrições, mas devia se caracterizar por uma grande simplicidade, em consonância com os preceitos da Ordem, bem explicitos na nave actual da Igreja. A actual fachada, onde se notam elementos decorativos diversos estilos, foi modificada em 1702 pelo monge italiano Frei João Turriano, conservando do gótico primitivo o pórtico de sete arquivoltas assentes em outras tantas colunas. Três corpos sobrepostos compôem a fachada. De cada lado do pórtico em nicho com peanha e baldaquino, abriga-se à esquerda, a estátua de S.Bento e à direita a de S.Bernardo, ambas em mármore de Carrara.

Sobre o pórtico corre, em toda a largura, uma varanda decorada com motivos renascentistas, na qual assentam quatro estátuas simbolizando as quatro virtudes teologais - Força, Justiça, Prudência e Temperança. No corpo central, mais recolhido, uma grande rosàcea ilumina a nave central e de cada lado um janelão de volta inteira ilumina cada uma das naves laterais.