A Sala do capítulo é do tempo de D.Manuel e o prior D.Pedro Gavião (1507-16), e ocupa o espaço deixado pela sala do capítulo romanica. O projecto é do mestre Boytac, e segue o mesmo estilo da nave, com pé direito elevado, e abóbadas nervuras. As paredes estão revestidas de azulejo enxequetados de 1582. No topo sul o arco triunfal da capela dedicada a S.Teotónio. O túmulo de S.Teotónio falecido em 1162 ficou aqui até 1508. Esteve na capela do Crucifixo até 1530, regressando aqui renovo.