Capela de Jesus com o túmulo de D.João de Noronha, projectada por Jacques Boytac, mas pela ida de Boytac para norte de África e para outras obras, foi construída pelo mestre Marcos Pires entre 1518 e 1522. As Abóbadas são nervuradas e preenchidas com as chaves, umas com vegetação, outras com os símbolos régios Manuelinos; esfera armilar e cruz de cristo. Este claustro substituiu o romanico com a mesma configuração.