Universidade encontra-se situada na mais elevada colina da cidade, em posição sobranceira ao Mondego. Fundada pelo rei D. Dinis com a colaboração do prior de Santa Cruz, do abade de Alcobaça e outros eclesiásticos, estabeleceu-se primeiramente em Lisboa com o nome de "Estudo Geral". A 13 de Agosto de 1290 foi sancionada por bula do papa Nicolau IV. É transferida para Coimbra em 1308 e aqui o monarca D. Dinis concede-lhe o "fórum" académico. D. Afonso IV haveria de voltar a transferi-la para Lisboa, de onde regressaria em 1354. Este vai-vem continua e D. Fernando voltaria a mudá-la para Lisboa até que D. João III em 1537a instalou definitivamente em Coimbra. Aqui, instalou-se no antigo paço medieval que, durante os reinados de D. Manuel I e de D. João III, sofreu grandes remodelações de maneira a tornar-se mais cómoda e adequada ás suas novas funções. Foi D. João III quem ofereceu o Palácio da Alcáçova para aí se leccionarem algumas disciplinas, no entanto, mais tarde, transferiram-se para esse local todas as aulas universitárias. Mais tarde os edifícios passaram para propriedade da Universidade (1597), no âmbito da compra que a instituição fez ao monarca espanhol D. Filipe III (II de Portugal), que então reinava em Portugal.