O desenvolvimento da cidade foi acompanhando o da nacionalidade portuguesa. À medida que avança a Reconquista até à linha do Mondego - sendo a conquista da cidade de Coimbra (em 1064) um marco importante - tornou-se importante reforçar a defesa militar do novo Reino, não só a Sul, onde os Almóadas tentavam recuperar território, mas também a Leste, onde o Reino de Leão procurava acrescentar território. O repovoamento era uma parte importante deste processo de reforço, não só das fronteiras mas também das portelas naturais, sendo instaladas pequenas comunidades com fortificações em locais estratégicos. Devido à sua importância em termos de estratégia militar, D. Sancho I atribuiu à Guarda em 1199 o foral, para lhe permitir tornar-se um centro administrativo e de comércio. Pensa-se que antes disso, a Guarda seria apenas uma pequena comunidade guardada por uma pequena atalaia ou torre (também chamada «guarda»). Para a sua crescente grandeza e importância estratégica contribuiu a construção do castelo, pelo Rei Povoador, no primeiro quartel do século XIII.

Pouco depois de fundada a cidade, foi transferida para ela a antiga catedral de Egitânia (actual Idanha-a-Velha), fundada em meados do século VI e abandonada após a invasão muçulmana do século VIII. Foi seu primeiro bispo D. Martinho, em 1203. A dignidade de cidade episcopal foi concedida a pedido de D. Sancho I pelo Papa Inocêncio III.