A Igreja da Misericórdia foi construída em 1544 sobre a sinagoga da comunidade judaica de Leiria que ali existia antes, constituindo um dos 12 projetos âncora, entre os 25 que integram o projeto das Rotas Sefarad, considerado “vital” para o sucesso da Rede de Judiarias de Portugal.

A Irmandade da Misericórdia de Leiria terá sido criada em 1544, tendo esta igreja substituido de certa forma, na área baixa da cidade, a função desempenhada pela igreja de S.Martinho (demolida entre 1546 - 49) pelo menos até à construção da Sé, em 1559. As estruturas anexas à igreja - que correspondem ao espaço ocupado actualmente pela Casa do Arco e Residencial Leiriense - funcionaram até ao inicio do seculo XIX como Hospital e albergaria, concentrando em redor do templo todas as instituições de assistência (hospitais, albergarias e gafarias) anteriormente dispersas pela cidade.

Na configuração actual, a igreja corrsponde a uma construção de inicios do seculo XVIII, promovida pelo bispo D.Alvaro Abranches de Noronha, e em que intervem o mestre de obras Francisco Gomes. A fachada principal, simples e sobria, adequa-se à função assistencial da instituição