A igreja do antigo Mosteiro de Vilar de Frades, implantada na área da primitiva construção românica e beneditina (269), surgiu da vontade dos padres evangelistas dos inícios de quinhentos e do mecenato de D. Diogo de Sousa, arcebispo de Braga em 1505- 1532, que financiou as obras da capela-mor e do cruzeiro.

Duas parentes deste prelado, Dona Leonor de Lemos e Dona Teresa de Mendonça terão, por seu lado, patrocinado os braços do transepto.

Quanto ao corpo quinhentista, mais consoante as posses dos religiosos e por isso desajustado do conjunto manuelino, estava em ruína em 1620 acabando por ser substituído pelo actual, mais espaçoso e belo, em correspondência com as necessidades da liturgia na Época Moderna. A traça desta igreja "erudita" tem sido atribuída a João de Castilho ou à sua escola  a partir da análise formal e estilística do conjunto dito manuelino: a capela-mor e o transepto, o pórtico axial e a nave. Todavia, a descoberta do manuscrito de 1658 gerou dúvidas sobre esta atribuição, pois o seu autor nunca refere o nome do famoso arquitecto biscainho (que muito trabalhou, sem dúvida, em Portugal) e dá a autoria do projecto ao mestre pedreiro João Lopes, residente na vila de Guimarães.

A figura de D. Diogo de Sousa aparece como o protagonista principal, enquanto financiador da capela-mor e do cruzeiro. Aliás, inicialmente terá mesmo manifestado a vontade de patrocinar a generalidade do projecto - a pensar no futuro, pois, tinha "tenção deliberada" de ser a capela-mor de Vilar "sua propria sepultura" -, incluindo "a fabrica da capella mor, cruzeiro e corpo da igreja [...] e logo encomendou ao famoso architecto e mestre de obras João Loppes de Guimarães" a execução de "toda a machina de todo o edificio começando pella capella mor" 

O autor do projecto da igreja de Vilar pode ter sido o famoso arquitecto João de Castilho. O projecto poderá datar dos finais da primeira década do século XVI, numa altura em que Castilho dava fim às obras da cabeceira da Sé de Braga, em 1509 (289) e se preparava para trabalhar na igreja de S. João Baptista de Vila do Conde, em 1511 (290), podendo o projecto da igreja de S. Salvador de Vilar de Frades ter sido concebido entre estas duas datas .