O inicio do Convento de Cristo dá-se após a reconquista de Santarém em 1147 por D.Afonso Henriques, com o repovoamento da zona do ribatejo. A construção do Castelo Templário em 1160 enquadra-se nesta linha defensiva natural que era o Tejo. De seguida foi construída a Charola original romanica. A ordem dos templários é dissolvida entre 1307-1312, e D.Dinis nacionaliza-a dando-lhe o nome de Ordem de Cristo em 1319. O Convento irá sofrer importantes ampliações durante os séc. XV e XVI, as quais vemos actualmente sob a forma do actual corpo rectangular da Igreja. Em 1529 no reinado de D.João III dá-se a restruturação do Convento, e Frei António de Lisboa manda mestre biscaino João de Castilho construir um novo claustro (1530-1565) onde actualmente vemos o claustro renascentista (1557-1580) projectado por Diogo de Torralva e alterado por Filipe Terzi em 1587 durante o reinado de Filipe II. João de Castilho trabalha aqui até à sua morte em 1553, construindo os claustros da Hospedaria, Micha e Corvos, e os aposentos do Convento.
