Se trata de una iglesia con planta rectangular, de tres naves, donde además median numerosas capillas hornacinas entre contrafuertes. En lo alto coronan bóvedas estrelladas. En el crucero se yergue un magnífico cimborrio formado por cuerpo ochavado sobre pechinas, tambor cilíndrico liberado por amplios ventanales y cúpula semiesférica, remata en linterna; fue finalizado por Juan Sagarbinaga en 1765. Rodeando el interior hay relieves con ocho escenas de la Virgen. La Iglesia recibe la luz de 90 vidrieras, procedentes originariamente de Flandes. En sus muros también se extienden dos galerías corridas, en dos alturas, 90 medallones con bustos de profetas, evangelistas y doctores, y otros tantos escudos catedralicios con el búcaro de azucenas.